इस नदी में नेपाल के दो दर्जन से अधिक नदियों का पानी का बहाव है । 1987 के बाद से इस नदी मे गाद व बालू के भर जाने से नदी का प्राक्रतिक पानी का बहाव बंद हो जाने से इन नदियों का पानी समतल भूमी पर होकर बह रही है । दोनों देशों के लोगों के बीच पानी बहने कि समस्या ही विवाद का कारण बना है । गत वर्ष 23 जुलाई को सीमा बांध टूटने से यहां के तीन पंचायत के लोग व हजारों एकड़ फसल के साथ-साथ करोड़ों की क्षति हुई थी ।जल संसाधन विभाग सीमा बांध बांधने का काम कर रहा था । 28 जुलाई को नेपाल सप्तरी जिला के सीडीओ (डीएम ) सीमा बांध का स्थल जांच करने आये उसी समय नेपाल के तिलाठी गांव के सैकड़ो कि संख्या में आये लोगों ने बांधा हुआ सीमा बांध को फिर से तोड़ दिया । इसकी जानकारी जब कुनौली के लोगों को हुआ तो इधर से भी सैकड़ो कि संख्या में जुटे लोग ने विरोध प्रकट किया। बाद - विवाद मे ही दौनो देशों के लोगों के बीच तीन घंटे तक मार पीट होते रहा । इस मारपीट में दर्जनों लोग घायल हुए ।

 इस घटना के बाद बाद 29 जुलाई को कुनौली कोशी निरीक्षण भवन मे डीएम, एसएसबी 45वीं बटालियन के कमांडेंट, जल संसाधन विभाग के जेईई, नेपाल से सप्तरी के सिडीओ, जल उत्पन प्रकोप के प्रमुख व दौनो देशों के जनप्रतिनिधियों के साथ हुई बैठक में तीन बिन्दुओं पर सहमति बनी । तिलयुगा व खारू नदी का जो पहला अस्तित्व था जो अब समाप्त हो चुका है । जिस कारण विवाद बढ़ रहा है । इसलिए नदी को एक किलोमीटर अप और दो किलोमीटर डाउन नदी का उराही कर दिए जाने से बाढ़ व जल जमाव कि समस्या नहीं रहेगा, जिसका प्रस्ताव भारत सरकार के जल संसाधन के पास लम्बित है । 

इस समस्या को सुलझाने के लिए दोनो देशों के अभियंताओं की पांच सदसीय टीम गठित कर दिया गया और सीमा बांध बांधने पर तत्काल रोक लगा दी गयी और डीएम ने कहा था नेपाल कि समतल भूमी है नेपाल जलग्रहण क्षेत्र भी है बांध नहीं रहने से पानी आयेगा और चला जायेगा । जब तक नदी की उराही नहीं होती तब तक कि बांध नहीं बांधा जायेगा । उसके बाद भी नेपाली भाग मे पिलर संख्या 223 से 222 तक तकरीबन सात फीट ऊंचा करके बांध सह सड़क बनायी जा रही है ।